Fue fundada el 24 de septiembre de 1770, por los españoles Franco, durante el Gobierno de Carlos Morphi, a orillas del río Yhaguy. Esta localidad fue llamada anteriormente como Puesto Mbocajaty, incluyendo las zonas de Iriarte, Ybyraity y Yeguarizo. Es una de las localidades más antiguas del país. Posee una bella arquitectura colonial, con jardines y calles bien cuidadas. Cercana a la ciudad de su centro histórico, está el “Museo Vapor Cué”, con barcos rescatados del río Yhaguy: Apa, Ypoá, Pirabebé y Amambay, que fueron incendiados por sus tripulantes, para que no sean apoderados por enemigos.
El 24 de septiembre, aniversario de la fundación, que coincide con la fiesta patronal de la Virgen de las Mercedes, se realizan actos oficiales, litúrgicos, y estudiantiles, además, de un gran festival de música y baile social. La casa de la familia Miranda fue donde se hospedaron el Mcal. López y Madame Lynch antes de ir a San Estanislao. El Ykuá Ramírez fue campamento de las tropas paraguayas en la Guerra del 70. Vapor Cue es un museo al aire libre, cerca del río Yhaguy, donde se encuentran restos de siete barcos de la flota armada paraguaya que participaron en la Guerra. Pueden observarse piezas metálicas y objetos de época, una bandera y fotografías. El Hotel Vapor Cué ofrece un excelente servicio de restaurante. Son fiestas en la ciudad, el 14 de mayo, día de San Francisco Labrador y el 24 de septiembre día de la Virgen de las Mercedes, patrona de la ciudad.
Queda a 91 km de Asunción por la Ruta II. En el centro de Eusebio Ayala, a 65 km de Asunción, se toma un desvío hacia el norte, que conduce a Caraguatay y otras ciuades aledañas. Desde la terminal de ómnibus de Asunción existen líneas de transporte varias veces al día, que comunican con Caraguatay. Desde Eusebio Ayala hay línea de ónmibus permanente hacia este lugar en horario diurno.
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